برنامه آموزشی مدرسه هدف، به صورت متوازن طراحی شده است. تمرکز اصلی بر دروس پایه مانند ریاضی، علوم، فارسی و زبان انگلیسی است. در کنار این موارد، واحدهای پژوهشی و کارگاه های مهارتی نیز برگزار می شوند تا دانش آموزان توانایی تحقیق، تحلیل و کار گروهی را بیاموزند.
مدرسه هدف همچنین بر ارزیابی مستمر تاکید دارد. این ارزیابی ها به معلم کمک می کند نقاط ضعف و قوت هر دانش آموز را مشخص کند و در صورت نیاز، برنامه های تکمیلی یا حمایتی برای او در نظر بگیرد.